Umhverfisstefna Flugmálastjórnar byggir á umhverfisstefnu í ríkisrekstri og þeim alþjóðlegu stöðlum og reglum sem stofnunin, fyrir hönd Íslands, er aðili að og framfylgir. Markmið stefnunnar er að leitast við valda sem minnstri mengun og álagi á auðlindir og umhverfi. Öll starfsemi taki mið af sjónarmiðum umhverfisverndar og sjálfbærrar þróunar í samræmi við markmið Staðardagskrár 21. Flugmálastjórn beiti sér fyrir eftirfarandi:

a. Í almennum skrifstofurekstri er leitast við að nýta orku og aðföng sem best, velja viðurkenndar umhverfisvænar vörur, endurnota og endurvinna úrgang sem fellur til í rekstri stofnunarinnar eftir því sem kostur er, og tryggja að vinnuumhverfi starfsfólks sé heilsusamlegt.

b. Að stofnunin, í gegnum alþjóðlegt samstarf, miðli upplýsingum og stuðli að fræðslu um umhverfismál sem tengjast flugi og upplýsi um þær tækniframfarir sem leiða til minni mengunar af flugrekstri.