Fjármáladeild sér um fjárhagslega umsýslu Flugmálastjórnar, launavinnslu, bókun og greiðslu reikninga auk ýmissar innri þjónustu. Deildin annast daglegan rekstur stofnunarinnar, m.a. gerð og innheimtu reikninga á grundvelli gjaldskrár sem samþykkt er af innanríkisráðherra. Deildin vinnur fjárhags- og rekstraráætlun, kostnaðarmat og ýmis uppgjör.
Fjármálaáætlunargerð Flugmálastjórnar fer fram í fjármáladeild, svo sem gerð rekstraráætlana, gerð fjárlagatillagna og vinna við gjaldskrár stofnunarinnar.
Bókhald Flugmálastjórnar, svo sem gerð reikninga, móttaka og greiðsla reikninga sem og uppgjör ferða starfsmanna er í deildinni. Notast er við Navision Financial fjárhagsbókhald.
Innkaup stofnunarinnar, svo sem á skrifstofu- og rekstrarvörum, er stýrt í deildinni.
Launavinnsla vegna starfsmanna Flugmálastjórnar fer fram í deildinni. Hjá Flugmálastjórn er haldið verkbókhald um vinnu starfsmanna. Hver starfsmaður skráir tíma sína niður í verkbókhaldskerfi sem reikningar stofnunarinnar til viðskiptavina sinna byggja á.
Deildarstjóri fjármáladeildar er Ingibjörg Þorsteinsdóttir. Ingibjörg lauk BS gráðu í viðskiptafræði frá Háskóla Íslands árið 2002 og diplómanámi í opinberri stjórnsýslu fyrir stjórnendur í opinberum rekstri frá Háskóla Íslands árið 2011. Hún hefur starfað hjá Flugmálastjórn Íslands síðan 2007.